การจำแนกหัวโขนตามสีของสีกายและใบหน้า เป็นการแก้ปัญหาของช่างทำหัวโขน เพื่อให้สามารถรู้ถึงชื่อ รูปแบบและเครื่องประดับของหัวโขนแต่ละตัวที่มีเป็นจำนวนมาก ด้วยการเขียนระบายสีพื้นลงบนส่วนใบหน้าของหัวโขนเพื่อให้แยกแยะได้ง่ายขึ้นเช่น พญาวานรที่สวมมงกุฎยอดเหมือนกัน แต่แตกต่างกันเพียงสีของใบหน้าเช่น พญาวานรที่สวมมงกุฏยอดบัด ถ้าใบหน้าสีเขียวสดคือพาลี แต่ถ้าเป็นสีขาบคือท้าวมหาชมพู หรือสีแดงชาดคือสุครีพ เป็นต้น สำหรับสีที่ใช้ระบายสีหน้าของหัวโขนเช่นสีดำ สีเหลือง สีขาว สีแดงและสีครามหรือเรียกว่าสีเบญจรงค์ ในการระบายสีนั้น เป็นทักษะความรู้และความสามารถเฉพาะตัวของช่างทำหัวโขนแต่ละคน ซึ่งมักหวงแหนวิชาความรู้และเก็บเป็นความลับ ไม่ยอมถ่ายทอดวิชาให้แก่ผู้อื่นนอกจากลูกศิษย์เท่านั้น ซึ่งสีต่าง ๆ ที่นิยมใช้ระบายลงบนพื้นใบหน้าของหัวโขนแต่ละตัว มีดังนี้[8]

นอกจากการจำแนกหัวโขนตามสีของใบหน้าแล้ว ช่างทำหัวโขนยังมีวิธีจำแนกหัวโขนตามแต่ประเภทของมงกุฏยอด ซึ่งมีจำนวนมากกว่าร้อยหัว ที่มีเอกลักษณ์เฉพาะให้แตกต่างกันออกไปอีกด้วย ซึ่งแม้จะมีการแยกประเภทของมงกุฏยอดให้แตกต่างกันแล้ว ก็ยังมีบางพวกที่มีสีของกาย ใบหน้าและมงกุฎที่สีซ้ำกัน แต่แตกต่างเพียงอาวุธเช่น ยักษํกายสีม่วงแก่ สวมมงกุฎยอดกระหนก ถือหอกเป็นอาวุธคือพญาทูษณ์ แต่ถ้ากายสีม่วงแก่ สวมมงกุฎยอดกระหนกแต่ถือกระบองเป็นอาวุธคือขุนประหัสต์ วานรกายสีขาวปากอ้า ถือตรีคือหนุมาน แต่ถ้าปากหุบ ถือพระขรรค์คือสัตพลี วานรกายสีดำปากหุบคือพิมลพานร แต่ถ้าปากอ้าคือนิลพัท เป็นต้น ช่างทำหัวโขนจึงต้องกำหนดให้หัวโขน มีลักษณะเฉพาะแตกต่างกันออกไปตามรูปลักษณ์ของหัวโขน เช่น มงกุฏฝ่ายลงกา มีประเภทของสีกายและมงกุฏ ดังนี้